Yo tengo el mismo problema de falta de espacio, habiendo adoptado la misma solución que tú, maletines con fundas numeradas y me deshago de las cajas amaray, excepto unas pocas, las de mejor calidad o con capacidad para varios discos (las carátulas las conservo aparte). Las ediciones especiales coleccionistas en digipack, caja metálica, etc... las tengo a parte en una pequeña estantería, para lucir.
Tengo una lista por orden alfábetico, con un numérito entre paréntesis y coincidente con el de las funditas del maletín. Así puedo localizar rápidamente la peli que busco.