Todo el tiempo jugaron con la posibilidad de que con la explosión nuclear se habían creado 2 realidades
En realidad no jugaron, dijeron claramente (cuando Desmond se reúne con Faraday) que "y si una explosión nuclear hubiera creado una realidad alternativa y estuviéramos viviendo una vida que no es la que nos toca vivir..."

¿Qué sentido tiene que un personaje que, supuestamente, está en el limbo esperando a que todos mueran, plantee esa opción?

Es más ¿qué sentido tiene que en ese limbo Desmond sea empleado fiel de Widmore, que Linus sea profesor de la hija de la francesa (que ya no es francesa??), que Jack tenga un hijo con Juliet?

Ninguno. Lo de la realidad alternativa ha sido un fiasco monumental.