Yo ya por experiencia propia no te puedo recomendar más hoteles, pero tirando de la Lonely Planet prueba a mirar en Praga los siguientes de precio económico:

Hostel Týn, en el barrio de Stare Mesto (la ciudad vieja), muy céntrico.

Pension Unitas, en el mismo barrio.

Pensión Brezina, en el barrio de Nove Mesto (la ciudad nueva), que pese a su nombre sigue siendo casco histórico.

Por cierto, xaruman tiene razón, no te subas al metro sin pagar. Yo sólo me refería al tranvía, que ése sí, no está en absoluto controlado. De todas formas los bonos son baratos y te sirven para ambos medios de transporte.