no lo he hecho nunca, pero el sentido común me dice que sí. supongo que en el menú de particiones te aparecerán las 2 que tienes ahora, te dejará borrar la que quieras y crear una nueva e instalar Windows en la nueva... dejando intacta la otra partición. si no se pudiese, ¿de qué serviría tener particiones?

aunque hoy día es más rentable (en inversión temporal) tener otro(s) disco(s) duro(s) de almacén, para edición de vídeo, etc...