Para que Kodi detecte una capítulo de una serie, el archivo correspondiente ha de estar nombrado correctamente. Necesita algo así en el nombre: xxxxxxxx 1x01 xxxxxx. Vamos, que Kodi tiene que saber de qué capítulo en concreto se trata.
Si eso ya lo has hecho, crea una carpeta con el nombre de la serie y mete el capítulo en ella. Kodi determinará la serie por el nombre de la carpeta.