La nomenclatura que usas es la correcta. De todas formas, crear una subcarpeta para cada serie es recomendable.
Pero si no te importa nada el tema de la carátula, fanart, sinopsis, etc. no es necesario casi nada. Simplemente añade las fuentes de videos que quieras, diciendole a Kodi donde se encuentran (en tu disco externo) y ya lo tendrás. Vamos que primero tienes que decirle a Kodi donde están tus películas y tus series. Durante ese proceso te pedirá que le indiques el tipo de contenido tienen esas fuentes (películas o series), pero eso lo necesita para buscar la información relacionada en internet.
Ahora tendrás que entrar en Colección -> Archivos y ahí encontrarás cada una de las fuentes introducidad anteriormente. Y todos los archivos, ya tengan o no información adicional.
En mi opinión, Kodi es demasiado complejo y potente como para usarlo solo como un explorador de archivos, la verdad.