Pues entonces si puede ser culpa de la propia pelicula.
Los MKV si se hacen a máxima calidad requieren de bastante máquina, y un buen soft que sepa sacarle partido.
No te se dar el nombre de algún otro soft ya que no suelo ver pelis en matroska.
Leete esto, es bastante interesante:
http://manzanamordida.com/los-archiv...-series-en-hd/