Hola!
Lo que te ocurre es francamente extraño.
Yo tengo el lector DENON DVD-3910 y el SACD de "The dark side of the moon". Te puedo confirmar que no me sucede lo de las pausas de dos segundos entre pistas, tanto el la modalidad SADC multicanal, estéreo y CD estéreo. No sé a que se puede deber este fallo. Intenta probar si también te ocurre dándole salida analógica, por RCA en lugar de por salida digital (óptica o coaxial), aunque esto no creo que te influya para nada. También dudo que sea defecto del disco.
A ver si tienes suerte y lo solucionas.
Saludos,
Diego