Puede haber un fallo en el NTFS que impide a windows arrancar.
Prueba a bajarte el NTFS2PRO.
Es como un scandisk pero para ntfs. Es un disquette o Cd (mejor) de arranque. Puede que tengas algun problemilla para hacerlo funcionar, aunque creo que te las sabras arreglar. Si tienes alguna duda no dudes en preguntar.
Otra cosa que puedes probar sin formatear es sobreinstalar windows. Mete el cd de instalacion, pon que lo quieres instalar (pasa de la consola de recuperacion) y cuando detecte una version anterior instalada pon Reparar. Esto vuelve a copiar todos los archivos de windows pero respeta lo instalado.