Si es por la forma en que codifican los mkv's, no creo que ningún firmware pueda solucionarte eso. Lo suyo es que te bajes el último y pruebes... si no rula, me temo que te tocará cambiar de mediacenter....

Seguramente sea problema en la forma que ahora codifican los mkv, y que tu asus no lo soporte bien. Tal vez se podría solucionar volviendo a "cocinar" tu mismo esos mkv's con el programilla de turno y con un perfil antiguo para que te lo lea todo otra vez, pero vaya, eso si se puede hacer es un coñazo y se tarda mucho tiempo, y seguro que te sale más a cuenta venderte el asus y pillarte otro de 2a mano que te lo lea todo.