Antes de grabar las películas a CD, revísalas con el programa MPEG4Modifier.

Muchos reproductores incumplen parte de las normas MPEG-4, más por dejadez que por otra cosa.

Es posible que estas películas que te dan problemas estén comprimidas con el excelente codec XviD, y con la opción Packed Bitstream activada. Con la ayuda de ese programa puedes desactivarla y te funcionarán perfectamente.

Saludos