El subwoofer no tiene porqué notarse de manera muy evidente todo el rato y, por supuesto, ni mucho menos verse de manera superevidente el cono vibrando a menos que lo tengas en volumenes muy elevados o con fragmentos de música y películas con un contenido de subgrave elevado.
De hecho si tu subwoofer funcionase de manera tan evidente todo el tiempo te aseguro que tendrías un problema de ajuste clarísimo. Sobre todo con música es bastante común que enciendas y apagues el subwoofer y casi no notes diferencia en el sonido exceptuando, claro está, en los fragmentos que haya contenido de muy baja frecuencia.
Eso de los videos de youtube con el cono moviendose de manera tan violenta y evidente está hecho de cara a la galería. Respecto a lo que comentas de que el subwoofer solo hace vibrar el suelo en momentos de explosiones y demás y que no saca sonido pues esa es precisamente la función del subwoofer. Es decir, el "sonido en general" vendría dado por tus altavoces, y el apoyo al subgrave en explosiones y demás efectos (que es donde no llegan tus altavoces) lo daría el subwoofer.
Resumiendo, y como dice el forero Israel, si la música te suena bien en el punto de escucha y las películas te suenan bien y las explosiones son apoyadas por el subwoofer dandole sensación de "impacto físico" olvidaté del tema y no te preocupes más. Está todo correcto. Hay una máxima en home cinema que viene a decir algo así como que un sub bien calibrado practicamente no da la sensación de estar funcionando en casi ningún momento (especialmente cuando pones música).
En cuanto a la autocalibración no te tienes que fijar en nada de lo que haga el sub en ese momento ya que precisamente está calibrandose con lo que con toda seguridad, y por momentos, sonará con una frecuencia de corte y un nivel mucho más altos que el necesario.