Buscando en el manual del Nad T763 no he visto la forma de hacer reset excepto a los ajustes del mando a distancia.

Por si os sirve de algo en el manual de los Yamaha dice que los valores son guardados durante una semana cuando la unidad no está conectada a la red electrica.

Lo que está claro es que el problema es de la sección de procesamiento digital del Nad y no del subwoofer.
Aparte de que sean molestos, esos picos de señal que le llegan al subwoofer en las distintas circunstancias que comentais no son nada buenos. Hasta que se arreglara el problema bajaria el nivel del subwoofer por no decir de prescindir de su uso.

Saludos