Encontré una forma de "resetear" pero es un poco light porque lo que hace es dejar los valores de configuración por defecto.

La forma de hacerlo es con el aparato encendido dejar pulsado el botón "VCR" mientras aprietas el de StandBy (ON/OFF). Para comprobar que se ha hecho correctamente nos muestra en la pantalla "Clear" mientras se apaga.

Después de hacer el reseteo pude ver que el problema sigue ahí, incluso cambié el cable HDMI y seguía igual.
Estuve haciendo más pruebas, y no en todas las ocasiones ocurre.
Por ejemplo, en el menu XMB de la PS3 si falla, sin embargo al poner una canción se escucha bien y no suena nada extraño.
Después probé un BD (Babylon):
- Con la pista en DTS y la configuración BitStream en la PS3 se escuchaba bien.
- Con la pista en DTS Master HD y la configuración PCM en la PS3 se escuchaba mal, contínuos chasquidos por todos los altavoces.

Tiene pinta de que alguno de los chips del Onkyo está mal...