Es aconsejable, decidirse por un bando en cada partida. Para que tu Karma (positivo o negativo) puede llegar a su máximo nivel (creo que era nivel 5). En general, en estos juegos siempre es buena idea jugar dos veces para ver los dos caminos (aunque tampoco te esperes grandes cambios). Este es relativamente cortito y por eso hacer las secundarias no se hace taaan pesado.
El más espectacular en ese sentido era el 2. Una pena que no te gustara, en ese sí que los finales eran muy diferentes y además bastante cañeros (ya que Cole y Zeke eran más carismáticos que Delsin y por lo tanto las decisiones que les afectaban te llegaban más).