¿Has probado a dejar el audio en PCM, en lugar de en mp3? Igual de esta forma el programa de conversión a mpeg-2 se encarga de convertirlo él y deja de darte problemas.

O puede ser que no le digas que multiplexe el audio y el video (igual te falta por marcar alguna casilla; o que se haya olvidado decirle que quieres el audio; ya sé que lo que te digo son tontadas <img src=https://www.mundodvd.com/forum/emoticons/chalao.gif ALT=":chalao"> , pero...).

No sé si te servirá de algo, pero bueno... lo hago con buena fe.
Si acaso, da más información del programa que usas para editar.

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