La pregunta correcta es si puede con todas las opcioens de codificación de H264 y no con MKV...

MKV sólo es un contenedor, h264 es realmente el códec a procesar. el problema viene cuando se ripea el BD y lo recompromes con más calidad de en referencia a "refframes" o utilizar "L5.1", Sigma no puede con más de 3refframes y tampoco con más de "L4.1", por lo tanto todo depende del material q descargues o de cómo lo recomprimas desde el BD, pero si no se recomprimiera y utilizaramos el BD completo tal cual no habría problemas ya q el estándar no va más que L4.1.

Así q a ripear los BD sin procesar directamente usar en el formato original de como estén grabados, osea una peli de 40GB...