Supongo que dará lo mismo la salida 1 que la 2, aunque lo mas sencillo es deducir que si solo tienes uno lo conectes a la 1.

He dejado el filtro de corte del ampli a 80 Hz, pero dejando el del sub a 120 HZ (es decir, inutilizándolo y dejandolo en LFE)
Aunque todo es cuestión de probar y dejarlo como mas te guste, 80Hz en el ampli es un valor bastante común, pero los 120Hz en el sub me parecen con poco sentido.

No entiendo eso que dices de que lo inutilizas y lo dejas en LFE por ello. Al sub le llegan los graves y el LFE que le mande el ampli, otra cosa es donde corte él la frecuencia.

Tienes en este foro algunos hilos bastante interesantes sobre el ajuste de los subs. Te aconsejaría que buscaras un poquito.