El linux ( por lo menos esa versión) tiene una especie de programita que gestiona las particiones del HD, en automático te las modifica para el linux pero en manual te deja hacer con ellas lo que te de la gana y la interfaz grafica es muy parecida a windows. Puedes crear nuevas particiones windows, modificar el tamaño de las actuales, crear particiones windows y linux en un mismo disco duro. No se carga los archivos de las particiones que no toques o amplíes pero si las que elimines. De todas formas uses el programa que uses lo primero son las copias de seguridad, generalmente te equivocaras tú diciéndolo FORMAT C:\ ( antiguo ms-dos) borrando todo el disco duro cuando en realidad lo que querías es formatera un disquete :>: . Todos pasamos por eso...

Si el partition magic se te bloquea prueba lo siguiente:
>icicio>ejecutar:
Escribes "msconfig" y pulsas enter.
Te vas a la ventana de inicio y desactivas todas las casillas menos , si la hay , la del partiton magic.
Le das a guardar y reinicias.
Ejecutas windows y pruebas con el partition magic.
Lo que acabas de hacer es desactivar toda la retaida de programas que se cargan al iniciar windows y que no son del sistema operativo, todos los que tu has instalado en el ordenata,estos para ciertas funciones de mantenimiento ( por ejemplo un simple defrag) molestan un webo.
Cuando termines con las particiones haces los mismos pasos pero esta vez activando todas las casillas.

saludos y suerte