Lo capturaron después. En esa escena Ben muestra a Juliet quién le operará y le dice que va a averiguar cual es su debilidad y explotarla, como hará con todos, para ello, como conocemos después, se deja capturar para infiltrarse.

Lo de la anomalía también lo conocía (se supone), pues si algo busca Ben en la escotilla es que no se pulsen los botones. Al no hacerlo, todos quedaría encerrados, como es su objetivo.