Es reinicio pero al mismo tiempo también es secuela. La peli nos presetan un Spock viejo exactamente donde lo dejaron en su última participación en el universo Trek: El capitulo doble de la nueva generación llamado "Unificación" de la 5º temporada donde se ve que termina consagrando lo que le queda de vida en unir a los Romulanos con los Vulcanianos. Ahí es donde lo encontramos en la peli de 2009, y los sucesos que allí se producen es lo que da lugar al viaje al pasado y los consiguientes cambios.
Por tanto desde el punto de vista de la continuidad, no hay nada que se le pueda reprochar desde el lado fan, más aun cuando todos los hechos ocurridos en la otra linea temporal quedan intactos.