Estas naves imperiales deben constituir el plan B de Palpatine, una flota oculta en las regiones desconocidas. No sabemos por qué regresan justo ahora, pero imagino que la peli dará el motivo.
Luego, la Resistencia no es lo mismo que la Nueva República. La flota de la Nueva República fue destruida por la Starkiller en TFA, pero antes de eso la Resistencia nunca tuvo su apoyo oficial (de ahí el nombre). Fuera de la Resistencia nadie creía que la Primera Orden fuese una amenaza real. Al final de TLJ la Resistencia como tal queda reducida a lo que vemos en el Halcón, pero de ahí hasta TROS ha pasado un tiempo y algo habrán recuperado.
Las películas hacen una labor horrenda en explicar estas cosas, que son primordiales para entender qué está pasando.