Siempre que se apaga un amplificador tienes que cercionarte que el del sub (si es activo como en tu caso, está apagado). Hay una regla importante en el encendido y apagado de los aparartos. Lo último que tenes que encender siemrpre son las etapas que alimentan directamente a las cajas (sean sub o de otro tipo). Para apagar e sistema el proceso es todo el contrario.
Eso sí, sólo conectando y apagando la etapa del propio el sub no dabería hacer ningún ruido exagerado.
Un saludete