Buenas,
al parecer, incluso en la versión actual, se sigue utilizando el mismo fichero de configuración settings.json...
https://trac.transmissionbt.com/
https://trac.transmissionbt.com/wiki/ConfigFiles
https://trac.transmissionbt.com/wiki/EditConfigFiles
... por lo que el tutorial, empleando los paquetes estables, debería funcionar sin problemas.
jamtegi, a lo mejor el problema está en que al hacer ctrl+c no cierras el demonio, y no se genera el fichero...
Con el comando ps deberían aparecer los procesos en ejecución... no se si desde el chroot o desde el propio shell del linux del cubo... si ves que sigue en ejecución, trata de matar el demonio con '/etc/init.d/transmission-daemon stop' desde otra ventana... no se.
Prueba y nos comentas.
Un saludo.