Claro, hay que tener algo en cuenta... desde que hice el tutorial para pasar la partición a ext3... TODO lo hago con la partición ext3...
Cierto es que los problemas con NTFS son graves, y que con FAT32 las cosas no van tan bien como deberían.
Yo te recomiendo que pases a ext3, aunque no te aseguro que no te de problemas... no he realizado un uso intensivo del ftp, pero nunca se me ha colgado.
Un saludo.