El cambio "reseñable" es que aunque al final el resultado de lo que va a pasar en el arranque de la 2ª temporada es el mismo, en el juego me suena que dicen que la operación de Ellie era una lotería y encuentras documentos e imágenes que muestran que han operado a tropecientos inmunes cargándoselos sin éxito y aquí eso da la sensación de que Joel se lo inventa y la operación sí apuntaba a más éxito.
Y luego el añadido que más que cambio es nuevo y me parece genial (igual que el contexto científico de los hongos que en el juego no cuentan nada) es el pasado de Ellie, su nacimiento y naturaleza de inmunidad.