Antes de formatear yo agotaría todas las posibilidades.

¿Por qué no entrar en Modo a Prueba de Fallos, a ver si funciona?

Si entrase, habría que mirar el Visor de Eventos, tanto en Aplicación como en Sistema.

Si cada vez que se estropea algo en un servidor con Windows 2003 hubiese que formatear, no aguantaba en pie ni una empresa.