Pues lo primero de todo es que desfragmentes los dos discos duros internos que tienes.

Ten en cuenta que al menos deben tener un 20% de espacio libre ya que al no haberlos desfragmentado nunca estarán hechos unos zorros y el desfragmentador necesita espacio libre para reubicar los fragmentos.

El desfragmentador de Windows es bastante malo, por lo que mira ver si puedes conseguir el O&O defrag que es mucho mejor.

Esa placa de ampliación de puertos USB parece ser una fuente del problema que tienes ya que la velocidad del bus podría ser distinta a la de los puertos USB que trae tu PC, pero mejor que comiences por desfragmentar.

PD: Teniendo en cuenta que tengas espacio suficiente en los discos duros para hacer la desfragmentación (si no es así borra archivos que tengas copiados) te aviso que la desfragmentación te puede llevar muchas horas.