Buenos días, run-run
Pensaba que quedaba implícito en la fórmula, es tal y como lo has dicho tú:

(Precio de compra + gastos para la adquisición del piso) - (precio de venta + gastos de venta incluyendo la hipoteca antigua) = Hipoteca

De todas formas, lo ideal en tu caso es que cuando se produzca el caso vayas a una delegación de Hacienda y que te ayuden a hacer la declaración. Es lo más complicado que hay dentro del IRPF,
Para más info busca un epígrafe en el librito de Hacienda (supongo que en la web www.aeat.es también estará) que se llama: "Exención por Reinversión".

Un saludo