Antes de nada hay que aclarar que un tema es cuando hay versión cinematográfica y versión director, y otro cuando hay extendidas.
En el primer caso ocurre porque el directora/a no tiene final cut y la edición la gestiona la productora o el estudio. Así que años más tarde el director/a, si puede, a veces saca su versión. Caso de Blade Runner, vaya.
En el tema extendida puede ser similar pero el caso es que una extendida es aparte de quien edite esa versión.
En el caso del Hobbit ambas son de Peter Jackson, como lo eran en la trilogía del Anillo. Ignoro si tenía final cut pero las editó él (junto a sus editores, claro) y en ambos casos, por aquello de que rodaba tanto material, y por temas comerciales, sacó versiones extendidas de cara a los DVD/BD.
El caso de las versiones varias de Resurrection lo ignoro pero todo puede ser: es una saga llevada por productora (Brandywine, muy Anillos, por cierto) + estudio (Fox) así que el tejemaneje en eso era plausible.
A Joss Whedon le encargaron un guión de Alien 4 sin Weaver, claro. Lo escribió. Weaver lo lee, le gusta y quiere aparecer en la película, y entonces a Whedon le piden guión con una Ripley clon. Lo escribe. Entonces le piden distinto final. Escribe hasta 5 finales (uno ocurre en la Tierra). Y luego Jeunet, que no se llevaba bien con el idioma, y Whedon escribe como escribe con el uso del lenguaje que mete, y sale lo que sale.
Aunque a mi Resurrection también me gusta lo suyo, tal vez como la 3a.