Hola, te confirmo:
FLAC SI (supongo que te referias a este no a FLAG)
APE NO
CUE No tengo nada en CUE así que lo dejo en NS/NC
Esta pregunta no la entiendo del todo. Si tienes varios archivos de música en una carpeta, y le das al play al primero (no al enter) va pasando el solo de canción hasta la última. Si te refieres a que tienes un archivo CUE con X canciones, entiendo que te las debería leer todas, pero no te lo puedo asegurar porque no lo he podido probar. De todas formas o te las lee todas o sólo una porque lo que es navegar por dentro del fichero, me temo que no podrás. (Mi opinión sin confirmar).
Un saludo.