Ya lo tengo, el problema es este:

Format : AVC
Format/Info : Advanced Video Codec
Format profile : High 10@L3.1
Format settings, CABAC : Yes
Format settings, ReFrames : 4 frames
Muxing mode : Header stripping
Codec ID : V_MPEG4/ISO/AVC
Duration : 24mn 40s
Nominal bit rate : 1 825 Kbps
Width : 800 pixels
Height : 600 pixels
Display aspect ratio : 4:3
Frame rate : 23.976 fps

Los de WDTV aún no han resuelto los problemas del contenedor MKV, crealo de nuevo desactivando la compresión de MKV y listo...