Si la carpeta /usr/local/etc, se ha corrompido, la única solución pasa por reinstalar el firm, USANDO EL METODO DEL BOTON U. Si lo instalas desde el menú de configuración, esa carpeta precisamente no se borra, ni actualiza.
Otra cosa. Una vez que un HDD interno ha sido formateado DESDE EL MENU DE CONFIGURACION del cubo, no debería ser necesario formatearlo de nuevo jamás. Solo ha sido necesario formatear de nuevo al pasar de SDK3 a SDK4, pero como el 3800 siempre ha sido SDK4, eso no ha sucedido
Si al instalar el firm te pide formatear, la solución es fácil, decirle que no y seguir con el proceso, no debería tener mayor problema, yo mismo he obviado ese paso mucha veces.