Yo creo que despierta en el futuro mismo (en el mismo momento en que le practican el viaje) la diferencia es que la vida ha seguido con normalidad y siguen dando clase (Ese despertador moderno nos dice, creo, que no están en el mismo momento de X-Men 2)
Así que sí, los hechos de X-Men 3 se quedan en nada, lo que no se sabe es cuánto de la 1 y la 2 ha pasado realmente y cuánto no.
Ese plano final de mística me dejó
1. ¿Ella le ayuda a reencontrarse con los X-Men? sería un fundador junto al profesor Xavier.
2. ¿Ella se convierte en Stryker y le pone el adamantium? Esto no tiene mucho sentido porque Mística es defensora de los mutantes, así que es de suponer que Lobezno no lleva el adamantium.
3. ¿Desaparece Lobezno hasta llegar al tiempo de X-Men 1 para unirse a ellos?
etc.
P.D: De la imagen post-créditos ya no digo nada que al no haber leído los cómics no se por dónde irán los tiros.