Despues de una relectura del manual del REl Quake, me respondo a mí mismo (y en mi caso). Si no me equivoco en la traducción...

En el apartado de "conexiones":

"HI LEVEL y LO LEVEL inputs pueden usarse simultáneamente. Los beneficios son dobles cuando se usan con un sistema home cinema. La entrada de bajo nivel reproduce el .1 sub/canal LFE y la conexión de alto nivel sostiene los altavoces frontales principales. Éstos deben configurarse como "large" en el procesador."

Y en el apartado de "configuración para aplicaciones en home cinema":

[...] "... deben configurar el procesador en la opción "large" o "full range" para los altavoces derecho e izquierdo de manera que el REL reciba la señal de bajos a través del cable de alto nivel. En esta configuración, el REL proporciona soporte tanto para los altavoces izquierdo y derecho para las escuchas de dos canales y soporte para el LFE cuando se reproducen películas. La mayoría de los procesadores le permitiran cancelar la salida del subwoofer cuando escuche en el modo de dos canales." [...]

De manera que, en el caso del REL, deduzco que lo correcto es hacer la calibración YPAO con el cable Neutrik conectado, pues puede reproducir a la vez la señal que le llega a través de las dos entradas (aunque ello no quiere decir que no pruebe el caso contrario... )

Saludos