Si usas mac, mi recomendación es que te hagas con el VisualHub (licencia 16 euros, pero vale mucho la pena). Tambien puedes buscarlo por ahi
El VisualHub convierte directamente, en una hora por fichero, los MKV en ficheros MP4 a 720p h.264 y con 5.1 (exactamente el formato que acepta el AppleTV). De hecho hay una pestaña predefinida (AppleTV 5.1) en su ultima versión para hacerlo con un click
Asi los metes en el iTunes directamente y los reproduces por streaming
La única excepción son los MKV con DTS, ya que por ahora no convierte de DTS a DD