Pues yo tengo mis tres discos USB (Western Digital Passport) y los extraigo "a saco" tanto en los pc's como en el Asus y nunca se han quejado. Eso sí, la tabla NTFS sí que se puede corromper si lo extraes cuando está leyendo o escribiendo algo. Con los S-ATA lo mismo.
Sobre la alimentación externa de las bases S-ATA, hay modelos que llevan un transformador externo y otros que se conectan a un USB para alimentarse a través de él. Cosa de la cual yo no me fiaría mucho, porque si sobrepasas la capacidad de corriente de un puerto USB, éste se desconecta automáticamente por auto-protección y te puede pasar lo mismo que explicaba antes si en ese momento el disco estaba leyendo o escribiendo datos.