A ver, normalmente, u-bahn es el equivalente al metro y s-bahn es el equivalente al cercanias. Las lineas de denominan bien con una "S" o una "U" dependiendo de que tipo de tren sean.

http://www.s-bahn-berlin.de/pdf/s_ba..._2805_2006.pdf

Por lo que he podido ver (se ve un poco mal, esquina inferior izquierda), en el aeropuerto bien puedes coger la linea S9 (S-Bahn, linea morada) que te lleva a la Alexanderplatz o la linea S45 (cuidadin, que es una linea circular y no te lleva al centro). La S9 tambien tiene la ventaja de tener horario nocturno.
Tambien hay autobuses: el 162 y el 171, pero estos la verdad no se donde van.

Para moverte por Berlin en transporte publico tienes las city tour cards por muy buen precio.

CityTourCard 48 hrs por € 14,90

CityTourCard 72 horas Preis: € 19,90