claro que hay, el S-Bahn es el metro y el U-Bahn los cercanías, que por el centro de la ciudad también van por debajo.

aquí tienes un plano:
http://www.hella.ru/code/metro/germany-berlin-2.gif

PD: por cierto, que me estoy liando y ya no sé cual es cual, diría que lo he dicho al revés, el U es el metro y el S cercanías.

PD2: confirmado, el U es el metro.