Lo de que algunas no se vean ya se ha comentado, es por la versión del mkvmerge que se ha usado. Volviéndola a pasar por el mkvmerge 3.2.0 funcionan (y no se pierde calidad, ya que simplemente se vuelve a muxear la peli, ya de paso se puede aprovechar para quitar audios o subtítulos que no interesen para que el .mkv quede algo más pequeño). Creo que también valen las versiones más nuevas del mkvmerge pero hay que deshabilitar alguna opción nueva, tengo que investigarlo.

Con .mkv y audio TrueHD mi experiencia es que sale un mensaje de "audio no compatible" o algo así, y la película queda muda. Lo podían arreglar en algún firmware posterior, porque el TrueHD desde Blu-ray sí lo reproduce de maravilla. Debe de ser un problema de que no identifica bien el codec cuando va dentro de un .mkv
El resto de codecs de audio sin problemas.

Subtítulos:
Tengo una película con ellos en formato .ssa dentro del .mkv y los reproduce bien.
Los .srt también, tanto si están en un fichero aparte como si van en el propio .mkv. Eso sí, si van en fichero aparte conviene regrabarlo en el notepad como UTF-8 en vez de ANSI, y además hay que tener en cuenta que salen más pequeños que si van dentro del .mkv. Se pueden incorporar al .mkv con el mkvmerge y asunto arreglado.
Los .sub que van dentro del .mkv no los reproduce bien, salen las letras unas encima de otras.