Por lo que yo tengo entendido, que me corrijan si me equivoco, si calibras los 4 subs, 2+2, ese primer canal para sub saca la media de los 2 que tengas conectados en ese canal, por lo tanto, luego tienes el otro canal con otros 2 subs con la media.
Si calibras solo 2 subs y luego le conectas otros 2, aunque los pongas al mismo nivel de volumen con el ruido rosa, puede crear cancelaciones, phases, retardos y demás que te calcule el programa de calibración, al menos asi lo entiendo yo.