Hola, no entiendo del todo lo que dices.
Te has comprado un disco duro de 2Tb, lo has enchufado a un PC y le has metido contenido multimedia (archivos avi, mkv, ...)
Sin embargo algunos archivos no los reproduce. Voy bién hasta aquí ¿verdad?
Sería interesante que dijeras con qué programa intentas ver los archivos y cuales son los que no reproduce para encontrar un patrón.
En principio los codecs no se tienen porqué instalar en el disco duro donde se encuentre el contenido multimedia, sino donde el programa correspondiente pueda acceder a ellos, generalmente coincide con el del sistema operativo.
Un saludo