Toca usar Mediainfo para saber las características del archivo que no te va.

No se si lo has usado antes, pero es muy simple. Lo instalas en el PC, lo ejecutas y abres el mkv del que quieras obtener la información. Ahí te dirá las características del mkv.

Compara uno que te funcione con otro que no y si quieres lo comentas y vemos si hay algo raro.

Un saludo.