PCI más antiguo.
PCIe = PCI express, o sea más moderno y rápido.
x4 - x16 = para que lo entiendas, velocidad de transmisión de datos, pensando sobre todo (y casi únicamente) en las tarjetas gráficas.
Por lo tanto si usas tarjeta gráfica, búscala PCI express y pínchala en el más rápido.
Los PCI normales, pues para modems internos, tarjetas usb, firewire, sintonizadoras de TV, etc.
Un saludo