Hola uziel.

En cuanto a la placa y el micro no creo que necesites pasarte a intel, con ese BE-2400 vas muy bien y además es fresquito (45w). Aunque también tienes la opción de montar un 5200 con caché L2 de 1024, con un TDP de 65w que también va muy bien y con poco consumo.
En cuanto a instalar una tarjeta gráfica te recomendaría una ATI HD2400 XT o Pro, yo tengo la pro y ya estamos empezando a acelerar por hardware los .mkv y con esta configuración la CPU no sube más del 8% (me costó 40€).
El tema de la refrigeración es un poco relativo pero yo te aconsejo que mires la gama Tacens Pro de 9db. de 12 y 8 cm. Yo los tengo son baratos y inaudibles, y en cuanto el disipador te aconsejo el tacens gelus pro(en cualquiera de las 2 cajas que mencionas te entraría perfectamente e incorpora un tacens pro como ventilador).