Harry se va de casa de sus tíos poco antes de su diecisiete cumpleaños, para intentar engañar a Voldemort, que espera al acecho ese momento en que el muchacho quede desprotegido de la magia que le protege allí. Los Dursley se van con miembros de la Orden del Fénix a regañadientes, pero Harry les deja claro que si no lo hacen, Voldemort irá a por ellos. La despedida definitiva llega, y en el último momento Dudley parece sentir lástima por Harry, de quien se despide, a su modo, diciéndole que le quiere.
La Orden se lleva a Harry a casa de los padres de Tonks con un plan: usar siete señuelos, con poción multijugos. Se ofrecen Ron, Hermione, George, Fleur, etc. Pero algo sale mal, ya que los mortífagos estaban al acecho y alguien les dijo cuándo le iban a trasladar. Ojoloco Moody muere en este intento, y a George le amputan una oreja con un hechizo. Harry llega a su destino a regañadientes cuando estaba frente a frente con Voldemort, que va directamente a por él. Pero no consigue atacarle: a sabiendas de que las dos varitas de ellos no pueden atacarse por miedo a un Priora Incantatem, Voldemort le coge la varita a Lucius Malfoy esperando que con ella pueda derrotar a la de Potter, pero tampoco funciona. La varita de Harry actúa por su cuenta y destruye la de Malfoy en manos de Voldemort. Finalmente, el hechizo protector le libra de Voldemort y Harry y Hagrid llegan a su destino, pero Hedwig la lechuza también muere en el intento.
Desde casa de Ted Tonks, Harry se traslada a la Madriguera, protegida por encantamientos contra los mortífagos. Allí, espera la boda de Fleur y Bill.
Durante ese tiempo, Harry lee muchos rumores de la vida de Dumbledore, como que tenía un hermano que renegaba de él, Aberforth, un padre en Azkaban y una hermana Squib. Madre e hija murieron sin que el aparentemente brillante Dumbledore pareciera importarle frente a sus logros. También lee acerca del legendario duelo que mantuvo con el malvado mago Grindelwald del que salió vencedor.
También reciben de parte de Scrimgeour, de mala gana, un legado que Dumbledore dejó a cada uno de ellos: Un deluminador para Ron, un libro de cuentos infantiles para Hermione, y la Snitch que Harry cogió por primera vez en su primer partido de Quiddich, para desconcierto de los tres, que se lo toman como un mensaje secreto de Dumbledore. El ministro es incapaz de descifrarlo, y no le queda más remedio que darles su heredad.
El día de la boda de Fleur y Bill, Harry conoce al padre de Luna, Xenophilius Lovegood, y también aparecen numerosos invitados como Víctor Krum, quien reconoce el símbolo de Grindelwald en el traje de Lovegood, algo que le repugna. Harry está “disfrazado” para no ser reconocido. En medio de la boda caen los encantamientos y un patronus parlante enviado por el Sr. Weasley les avisa del peligro inminente y de la caída del Ministro Scrimgeour. En medio del pánico, Harry, Ron y Hermione consiguen desaparecerse hasta Grimmauld place, protegido por el encantamiento Fidelius, y esperan que Snape no se aparezca por allí, pues él sí puede hacerlo.
Allí descubren muchas cosas, como la muerte de RAB, que era Regulus Black, y cómo se sirvió de Kreacher para sortear el maleficio de la fuente donde estaba el Horrocrux del Guardapelo. Kreacher finalmente acaba aceptando a Harry de buen grado como amo.
Pero el verdadero guardapelo acabó en manos de Dolores Umbridge en el Ministerio, donde van los muchachos a recuperarlo. En ese tiempo, el ministerio, que está casi por completo en control de los mortífagos. Tras un montón de peripecias con la poción multijugos, consiguen el Horrocrux, pero un accidente hace que Grimmauld Place sea revelado a los mortífagos, con lo que ya no pueden regresar allí.
Los tres vagan entonces por bosques en una tienda de campaña protegiéndola con todos los encantamientos posibles, y descubren cosas acerca de los Horrocruxes, como que solo pueden ser destruídos con algún tipo de arma legendaria o arcana, a saber: la sangre de un basilisco (por eso pudieron destruir el diario), fuego sagrado o… la espada de Godric Gryffindor, y se ponen en su busca. Sin embargo, el Horrocrux parece tomar posesión de Ron, al menos en cuanto a actitud, y tras una enorme discusión abandona a Harry y Hermione.
Hermione y Harry van a visitar entonces el valle de Godric, y visitar a una persona que puede saber algo sobre los Horrocruxes: Bathilda Bagshot. Pero es una trampa: Bathilda está muerta y estos son atacados por la serpiente Nagini, y casi son atrapados por Voldemort. Escapan de milagro. En esa visita, Harry visita la tumba de sus padres y de la familia de Dumbledore.
Harry comienza a obsesionarse con las reliquias de la muerte, de la cual es poseedor de dos: la capa de invisibilidad, y también el anillo de los Gaunt, que contiene la piedra que puede devolver la vida a los muertos, la cual está dentro de la Snitch que le dio Dumbledorem pero no sabe cómo abrirla, sólo descubre el mensaje "Me abro cuando llegue el momento". Harry sospecha que desciende de uno de los tres hermanos del cuento, los Peverell, del pequeño, el más sabio, mientras que Voldemort desciende del segundo de ellos, el arrogante. Hermione le recomienda que se centre en buscar los Horrocruxes.
Una noche, un Patronus con forma de ciervo se les aparece y les revela la espada de Gryffindor bajo el hielo. La auténtica. Porque la que hay en el despacho de Dumbledore es una réplica, y esto lo descubre el Gnomo de Gringotts cuando los Lestrange la metieron en su cámara del banco. Harry sospecha entonces que otro Horrocrux puede estar en esa cámara, pero no sabe o entiende quién puede haber enviado ese Patronus ni por qué tiene forma de ciervo.
Con la espada de Griffindor, y tras un oportuno regreso de Ron (el deluminador de Dumbledore fue la clave para poder volver a encontrarlos), este último destruye el guardapelo.
Entonces, Hermione descubre en el libro de Dumbledore el símbolo de Grindelwald, algo que le extraña porque es un cuento para niños. Poca gente parece saber nada de ese símbolo, así que van a visitar a Xenophilius Lovegood para preguntarle. Este les cuenta que ese es el símbolo de las reliquias de la muerte, y les cuenta un cuento en el cual tres hermanos, muchísimo tiempo atrás, desafiaron a la muerte y esta les dio tres regalos, uno a cada hermano: una varita invencible, una piedra con poder para devolver la vida a los muertos, y una capa de invisibilidad. Se dice que quien las posea se convertirá en el maestro de la Muerte, en el conquistador de la misma. Ni Harry, ni Hermione, ni por tanto Voldemort, sabían esta historia, por haber sido criados de niños como Muggles. Pero Lovegood les vende a los mortífagos porque estos han capturado a Luna y no quiere perderla. Los tres consiguen escapar de milagro.
Se descubre entonces algo importante: el nombre de Voldemort está maldito. Hay un encantamiento sobre él, de modo que quien lo diga será inmediatamente localizado por los mortífagos. A Harry se le escapa el nombre, pues llevaban tiempo diciendo solo quien-tú sabes, y son capturados por Greyback y otros mortífagos, quienes los llevan a casa de los Malfoy, cuartel general por entonces de Voldemort. Voldemort está en el extranjero, intentando encontrar una varita suprema para poder derrotar a Harry: la varita de las reliquias de la muerte, la varita suprema. Esto se sabe porque, durante toda la historia, Harry recibe imágenes de lo que está haciendo Voldemort, para disgusto de Hermione, quien le recomienda que utilice la oclumancia.
Pero cuando son capturados, son llevados a una mazmorra junto con algunos alumnos de Hogwarts del ED como Luna, y al gnomo Griphook, del que había oído lo de la espada falsa. Cuando Bellatrix Lestrange está torturando a Hermione, Harry intenta escapar, pero Colagusano se lo impide. Colagusano, entonces, vacila y le pasa por un momento por la mente el ayudar a Harry. En ese momento, la mano que Voldemort le había otorgado se vuelve contra el propio Colagusano y le asfixia por el cuello hasta matarle. Finalmente, aparece Dobby y se los lleva a todos a la casa de Fleur y Bill por aparición, porque los Elfos Domésticos no son como los magos y pueden aparecerse donde sea, aunque el sitio esté encantado contra ello. Pero Dobby recibe una puñalada de Bellatrix Lestrange en el momento de desaparecerse, y en su destino el pobre elfo muere también. Quién le envio a salvarles, eso no se sabe.
Harry hace un trato entonces con Griphook: que este le infiltre en Gringotts, en la cámara de los Lestrange, a cambio de darle la espada de Griffindor (el truco está en que no le dice cuándo se la dará), y este acepta. En esa cámara está la copa de Hufflepuff, otro de los Horrocruxes. Finalmente consiguen entrar, pero son traicionados en el último momento por Griphook, y pierden la espada de Griffindor. Consiguen, no obstante, escapar en un dragón y quedan perdidos en medio de un bosque.
Solo les queda una opción: encontrar el último Horrocrux, que se encuentra en Hogwarts y que seguramente perteneció a Ravenclaw. Pero ahora Snape es director de Hogwarts, y seguramente le esperan. Es en ese momento cuando Voldemort descubre que Harry va tras los Horrocruxes y, para su horror, decide chequear los lugares donde los escondió. Para este momento, Voldemort descubre que la vara maestra acabó en manos de Grindelwald tiempo atrás y, por tanto, su dueño era Albus Dumbledore, pues esta varita solo pasa su poder a un nuevo amo cuando es derrotado por otro, o es asesinado por el nuevo dueño. Voldemort profana la tumba de Dumbledore y se hace con la varita.
Los tres llegan a Hogsmeade para infiltrarse en Hogwarts, donde son salvados de los mortífagos y dementores por el dueño del Cabeza de cerdo, que resulta ser… ¡Aberforth Dumbledore!. Nunca se llevó bien con su hermano, pero tampoco mal, y este les explica los vaivenes de su vida, y de cómo en verdad su padre no era un asesino de Muggles ni su hermana una Squib, así como la extraña amistad que unió a Albus con el mago malvado Grindelwald en sus orígenes. A su vez, descubren que hay un pasadizo oculto a Hogwarts en un cuadro de Ariana, la hermana de Dumbledore, del cual surge Neville Longbottom y les guía a Hogwarts. Neville se ha convertido en el lider del ED, pues las cosas ahora en Hogwarts están muy difíciles.
En Hogwarts, se ocultan en la sala de los menesteres, realmente bien protegida por actuación de Neville. Toda la parte “buena” de Hogwarts se desvive entonces por encontrar “el” objeto de Ravenclaw, que resulta ser su diadema. Pero entonces Voldemort ya está en las puertas de Hogwarts, y habla mediante magia a todos exigiendo que entreguen a Harry Potter.
Empieza la evacuación de Hogwarts mediante la sala de los menesteres hacia el cabeza de puerco, pero los adultos se quedan a luchar. Llegan todos los Weasley, la orden del Fénix e incluso Tonks y Lupin, que acaban de ser padres. Entonces comienza la épica batalla de Hogwarts, donde los mortífagos luchan contra la orden del Fénix y el ED, mientras Harry busca la diadema. Finalmente la encuentra en otro de los salones de la sala de los menesteres, el mismo que usó Malfoy para traer a los mortífagos un años antes. Pero entonces se las ve con este, a quien derrota, pero un accidente hace que todo acabe en llamas y Crabbe (hijo) muera. Harry y Ron le salvan la vida a Malfoy y Goyle, quienes quedan colapsados. A su vez, Hermione va a la cámara de los secretos a coger los colmillos del Basilisco y acabar con la copa de Hufflepuff. También consiguen destruir finalmente la diadema.
Pero no todo es alegría: caen en la batalla Fred Weasley, Lupin y Tonks, que deja en estado de shock a todos.
Entonces, Voldemort llama súbitamente a Snape a la casa de los gritos, y este acude inmediatamente. Voldemort mata a Snape porque la varita maestra no funciona con él como debiera, y entiende que es porque fue Snape quien mató a Dumbledore, y por tanto él era el maestro de la varita, aunque le mata “sintiéndolo mucho”. Harry, que estaba oculto bajo la capa de invisibilidad, se acerca a Snape en su lecho de muerte y este segundo le pide que le mire a los ojos, y finalmente muere.
Voldemort avisa a todo Hogwarts que si Harry no se presenta en el bosque prohibido en una hora, volverá y matará a todos.
Harry acude a Hogwarts de nuevo, aturdido y dolido ante tanta muerte por su culpa. Acude al despacho del director (Snape), y encuentra en el pensadero todas las respuestas, toda la vida de Severus Snape: y descubrimos cómo fue él quien dijo a Lily Evans que era una bruja, y cómo vivió toda su vida secretamente enamorado de ella, y de cómo ellos, pese a todo, eran amigos. Cuando Voldemort fue tras ella, Snape el mortífago pidió a Voldemort que la perdonase, sin caso. Tras su muerte se unió a la causa de Albus Dumbledore, y juró proteger al hijo de Lily Potter. Todo estaba planeado, pese a que la parte en Harry que había de su padre la odiaba. Así, se sabe cómo Severus en verdad era aliado de Dumbledore, y que este último estaba muy enfermo e iba a morir. Por tanto, pidió a Snape que si se daba la situación, le matara delante de los Mortífagos para corroborar su alianza con Voldemort y así salvar de convertir en un asesino a Draco Malfoy. Así fue, de hecho.
Harry descubre también, para su horror, que él es el séptimo Horrocrux, y que debe morir para poder matar a Voldemort. Algo que Dumbledore sabía y esperaba que con las vivencias, Harry pudiera llegar a comprender.
Harry, resignado y cansado de todo, acude solo al bosque encantado, pero antes consigue hablar con todos los fallecidos: sus padres, Sirius, Lupin… y acepta de buen grado que va a morir. Descubre entonces el significado del mensaje de la Snitch de Dumbledore: "Me abro cuando se acerque el momento". Harry dice "Voy a morir", la Snitch se abre y aparece el anillo de Gaunt con la segunda reliquia de la muerte. Harry se presenta ante Voldemort, que le lanza un Adava Kedavra… y cae.
Pero no muere. Aparece en King’s cross junto a Dumbledore, quien le explica desde el lado de la muerte todas las respuestas, y le explica cómo Voldemort, al atacar a su propia alma, no le ha matado porque Harry tiene un alma completa y porque, al igual que su madre, se ha sacrificado por los demás. El efecto es que ha conseguido que todo Hogwarts quede libre de que pueda ser tocado por Voldemort, y que Harry no muera.
Dumbledore le pide a Harry que regrese para terminar su tarea, y eso hace. Despierta de nuevo en el bosque, donde descubre que Voldemort está aturdido y rodeado por los mortífagos. Narcisa Malfoy va a examinar el “cadáver” de Harry y descubre que está vivo, pero en un inesperado giro, no le delata ante los demás, pues solo le interesa ir a Hogwarts para ver si su hijo Draco aún vive. Voldemort proclama a los cuatro vientos la muerte del chico que sobrevivió, y ataca su cuerpo con maldiciones imperdonables, pero a Harry ya no le afectan por el acto de sacrificio que acaba de realizar.
Hagrid es obligado a llevar el cuerpo de Harry a Hogwarts, al salón central, y todos estallan en dolor al ver el cuerpo de Harry, que en verdad no está muerto. En ese instante, Neville ataca a Nagini y la mata, y provoca a Voldemort delante de todos.
Estalla una nueva batalla, y a esta se unen los centauros, gigantes e incluso los elfos domésticos. Es aquí donde caen casi todos los mortífagos, incluyendo Bellatrix Lestrange, por mano de la Sra. Weasley.
Y entonces, Harry se revela de nuevo con vida. Voldemort no da crédito. Pero Harry pide a todos que se aparten, que el momento ha llegado, y que solo es ya él y Voldemort. Ya no quedan Horrocruxes. Harry, en tono desafiante, ya no le llama Voldemort, sino Tom Riddle, para asco y sorpresa de Voldemort. Le explica cómo tiene un poder que él desconoce, cómo se ha sacrificado por los demás (razón por la que sus hechizos no afectan a los otros), y por qué la varita maestra no le sirve: mató al hombre equivocado. Snape no mató a Dumbledore, estaba todo arreglado. Quien desarmó a Dumbledore fue Draco Malfoy, y la propiedad de la varita pasó a él, pero como Harry a su vez derrotó poco antes a Malfoy, la varita era de él. Él era en ese momento el dueño de las tres reliquias de la muerte.
Por el sacrificio y por la propiedad de la varita, Voldemort ya no podía atacarle. Pero este lo hace igualmente, le lanza un Adava Kedavra y Harry contrarresta con un Expelliarmus. La varita vuela de la mano de Voldemort, el hechizo de este impacta en él mismo y la varita acaba en la mano de Harry. Voldemort ha muerto, y todos estallan en una alegría sin par.
Diecinueve años después, Harry y Ginny llevan a sus hijos Albus Severus, James y Lily al expreso de Hogwarts. Lo mismo hacen Ron y Hermione con los suyos, cruzandose con el hijo de Lupin y Tonks (Ted), y Draco Malfoy y su hijo. La historia termina.