Eso es porque First Class supuso la redirección de la saga para corregir el rumbo que había tomado con las ultimas entregas, en parte, gracias al regreso de Singer. Es cierto, hasta entonces Orígenes pertenecía al canon, pero tras la fría acogida del publico y el lio que montaron (porque la película era y sigue siendo muy mala), en Fox se apresuraron a intentar cambiarlo todo. Por eso permitieron esos cambios en las siguientes películas para que esa entrega no tuviera sentido. Y así ha sido.
Los fallos de continuidad siempre han estado, pero quitando ciertos detalles puntuales, si se elimina de la ecuación la primera de Lobezno, se sigue un único camino y patrón, desde FC hasta Logan, que no difiere a lo largo de las 8 entregas. Si, esa película (desafortunadamente) existe, y forma parte de los packs porque al fin y al cabo, el estudio es el mismo y siguen ganando dinero de ello. Y que conste que yo, por coleccionismo, la tengo. Pero eso no significa que la vea o forme parte de la saga canonica.
El tema Caliban, ya han mencionado que es una coincidencia, pero encaja en la cronología, dado que estamos hablando del mismo personaje con 50 años mas. Yo lo veo mucho mas hecho polvo, eso si.