Siempre que lo pongas en el valor que sea, y posteriormente calibres (y no vuelvas a tocar la fase en el sub) no hay problema, pero lógicamente (y ojo, desconozco el margen que tiene la calibración en la fase, si llega de 0º a 180º o el rango es menor) si la calibración que sea no tiene margen de ajuste de 180º, habrá una posición concreta donde es más precisa la corrección en fase como parece que te ocurre.
Si lo notas mejor en 180º pues déjalo así, como te digo, pero primero fija una fase en el sub, posteriormente calibra, y no vuelvas a modificar estos ajustes (ni en el sub ni en el AV).
Aunque ojo, a simple oído si notas los graves por encima del resto (independientemente de gustos) es señal que la curva de respuesta te hace una "cresta" en bajos, pues siendo plana, en la práctica nunca se nota por encima del resto de frecuencias, pues nuestro oído es menos sensible en los extremos (la mayor sensibilidad de nuestro oído está en torno a los 3KHz) por ello lo natural si la respuesta es plana, es no sentir nunca los bajos por encima del resto. Precisamente para compensar a bajo volumen esta característica de nuestro oído (cuanto menor es la SPL, más acusada es la diferencia de sensibilidad de nuestro oído en los extremos respecto al punto de máxima sensibilidad, los 3 KHz) se utiliza (activar) la función "dynamic eq" (en Marantz/Denon, desconozco si existe y cómo se llama en otras marcas), una especie de "loudness" (¿lo recuerdan en integrados de hace varias décadas?) más preciso y variable, en función de la SPL, conforme se aumenta el volumen, se atenúa esta corrección, pues naturalmente el oído a mayor presión, esta diferencia de sensibilidad se reduce.
Saludos.