Para eso tienes que configurar el programa para que coja los subtítulos como "ISO Latin 1" si no recuerdo mal. A esa configuración se accede mientras estás reproduciendo el vídeo ya con los subtítulos. En versiones anteriores creo que no recordaba este ajuste de un vídeo a otro, pero creo que ahora sí lo hace, de modo que sólo hay que configurarlo una vez.

Un saludo!