En general es cuestión de acostumbrarse. Yo siempre he jugado a los FPS usando el mando "por defecto" de la consola. Además, si el juego está bien hecho, no deberías tener ningún problema porque los controles están adaptados a usar el mando. Es decir, normalmente suelen darte más margen de "fallo" al apuntar que en un PC, porque se entiende que no tienes tanta precisión como te da un ratón.